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在修改PbootCMS目录权限时，需要注意以下几个安全问题：

1. 最小权限原则：尽量使用最小权限原则，即只赋予必要的权限。例如，755权限允许所有者读写执行，而其他用户只能读取和执行，这通常已经足够满足PbootCMS的运行需求。
2. 避免使用777权限：虽然777权限可以解决大多数写入问题，但它也意味着任何用户都可以读写执行该目录下的文件，这存在很大的安全隐患。除非绝对必要，否则不建议使用777权限。
3. 定期检查权限：即使设置了合适的权限，也应定期检查目录权限，确保没有被意外更改。
4. 备份重要文件：在修改权限之前，建议备份重要的配置文件和数据库文件，以防万一出现问题可以快速恢复。
5. 使用安全的文件权限管理工具：如果服务器支持，可以使用更高级的文件权限管理工具，如SELinux或AppArmor，来进一步增强安全性。